Egon Stenager er cand. med. fra Århus Universitet i 1979 og har efterfølgende fået en bred klinisk uddannelse ved hospitalerne i det nuværende Region Syddanmark og i Aarhus.
Han blev speciallæge i neurologi i 1994. Sideløbende med sin kliniske uddannelse har han været med til at opbygge forskningsenheden i neuro-psykiatri på Odense Universitetshospital, samt forsket i livsforløb med kroniske neurologiske lidelser, hvor hovedvægten har været på multipel sklerose.
Egon Stenager blev overlæge på Odense Universitetshospital i 1994 og derefter på sygehuset i Esbjerg, hvor han har haft funktion som uddannelsesansvarlig overlæge og ledende overlæge.
Han etablerede Skleroseklinikken i Esbjerg og Vejle i 2000, hvor han blev klinikchef. Stillingen blev udvidet til at også omfatte Sønderborg. De tre fælles klinikker benævnes Sydjysk Skleroseklinik.
Siden 2005 har han haft hovedansættelse i Sygehus Sønderjylland. Sideløbende med sit kliniske arbejde har han fortsat arbejdet med den kliniske forskning i klinikkerne samt i Det Danske Scleroseregister i København.
I 2009 blev han ansat som lektor med forskningsopgaver i Institut for Regional Sundhedsforskning, Syddansk Universitet. I 2010 oprettede han en fokuseret forskningsenhed i neurologi i Sønderborg ved Sygehus Sønderjylland, hvor der indtil nu er uddannet tre ph.d.er og seks er under uddannelse.
Siden 2010 har Egon Stenager også været centerleder ved SDU og Sygehus Sønderjylland med ansvar for at udbygge sundhedsforskningen i hele Sygehus Sønderjylland.
Hans egne forskningsområder omfatter multipel sklerose, rehabilitering, immunologi, genetik, ledsagesygdomme inklusive psykiatriske sygdomme, ledsagesygedomme ved neurologiske lidelser og registerforskning. Han har forskningssamarbejde med en række forskningsmiljøer regionalt, nationalt og internationalt.
Han har udgivet 150 publikationer i form af peer-reviewed artikler, bøger og bogkapitler samt mere end 200 præsentationer i form af abstracts, foredrag, posters etc.
Egon Stenager fik tidligere på året RoseLivPrisen for sin store indsats med scleroseforskning.