Efter tre år i spidsen for Sundhedsstyrelsen forlader Jesper Fisker 1. august posten som administrerende direktør til fordel for en stilling som departementschef for socialminister Benedikte Kiær.
Da Jesper Fisker i april 2007 overtog ledelsen af Sundhedsstyrelsen efter Jens Kristian Gøtrik, der i slutningen af 2006 havde sagt farvel efter en kontrovers med daværende sundhedsminister Lars Løkke Rasmussen (V), var det første gang, at en ikke-læge blev sat til at styre landets øverste sundhedsfaglige instans.
49-årige Jesper Fisker fik således til opgave at lede Sundhedsstyrelsen, netop som en ny sundhedslov gav styrelsen stærkt udvidede beføjelser til at styre behandlingen på sygehusene helt ned i detaljen – en proces, som er kulmineret her i foråret, da Sundhedsstyrelsen offentliggjorde en specialeplan, som satte navn på hvilke sygehuse, der fik lov til at foretage hvilke højt specialiserede behandlinger.
Jesper Fisker forsøgte at kompensere for sine manglende sundhedsfaglige evner, da han i januar 2008 ansatte overlæge Claus Munk Jensen som ’sundhedsfaglig vicedirektør’. Konstruktionen viste sig dog ikke at fungere i praksis, og efter halvandet år sagde Claus Munk Jensen farvel med begrundelsen, at han kunne »gøre bedre nytte i det kliniske arbejde«. Vicedirektørposten blev aldrig genbesat.
Jesper Fisker, der er uddannet cand.scient.pol., har tidligere været administrerende direktør i Sundheds- og Omsorgsafdelingen i Københavns Kommune, kommunaldirektør i Hillerød Kommune og socialdirektør i Brøndby Kommune.
Dagens Medicin kårede i januar Jesper Fisker som sundhedssystemets tredje mest magtfulde person.